Есть разница в работе JavaScript, когда браузер находится в Quirks Mode и Standards Compliance Mode. В эти режимы браузеры переходят в зависимости от того, поддерживается ли указанный
DTD, а так же переходят в Quirks Mode, если DTD вообще нет.
http://www.fastcoder.org/articles/?aid=825
http://pepelsbey.net/pro/2008/09/ie-street-magic/
Для определения, в каком режиме находится браузер, можно использовать свойство compatMode объекта document:
document.compatMode == "BackCompat" // Quirks Mode
document.compatMode == "CSS1Compat" // Standards Compliance Mode