хз никуда __proto__ не делся:
http://people.mozilla.org/~jorendorf...type.__proto__
http://people.mozilla.org/~jorendorf...t-initializers
в ES6 добавили возможность использовать __proto__ прямо в литерале:
var obj = {
0: 1,
1: 2,
length: 2,
__proto__: Array.prototype
};
obj.forEach(x => alert(x));
а вообще есть setPrototypeOf/getPrototypeOf