Строка отлично парсится. Надо только уяснить как работает экранирование в строках:
var data = '[{"id":"main_table_dff","config":"[{\\"meta_key\\": \\"ewe\\", \\"name\\": \\"rdsg\\", \\"type\\": 1}]"}]'
alert(JSON.parse(data))
config - это строка с двойными кавычками, поэтому все двойные кавычки внутри нее нам надо экранировать слэшем. Однако эта строка у нас записана внутри другой строки - data, c одиночными кавычками. И чтобы эта строка (data), не схавала наши слэшы (это ведь спецсимвол), мы его экранируем. Но это только при записи нашей строки в коде. Если сделаешь console.log(data), то разумеется двойных слэшей ты не увидишь.
В общем, либо ты неправильно проверяешь, либо у тебя на сервере формируешь строку неправильным путем.