[Octane]

Но теперь обработчик кнопки заканчивает выполнение раньше чем вторая функция

Все правильно, Func2 выполняется асинхронно, когда будет загружен фрейм, остальной код не будет ждать выполнения Func2. Как не переставляйте местами функции и алерты, от асинхронности вы не уйдете, теперь результат Result нужно выводить в Func2.

Почитайте про асинхронное программирование.

var a = 1;

function F() {
    a = 2;
}

setTimeout(F, 100);

alert(a); // чему равно a?