[ksa]

Строка1: "строка текста"
Строка2: "стр тек"
Нужно получить: "стр<b>ока</b> тек<b>ста</b>"

Как вариант...

var str1='строка текста';
var str2='стр тек';
var a=str2.split(' ');
for (i=0; i<a.length; i++) {
	var re=new RegExp('('+a[i]+')([^\\s]*)');
	str1=str1.replace(re,'$1<b>$2</b>');
};
alert(str1);