[Deff]

TimohaP,
Если функция , подлежашая "заморозке" имеет некую цикличность, периодически, в куске цикла проверять наличие этого окна (или специальной переменной, генерируемой при всплытии окна) если окно существует, замороженная функция циклиться на тестировании этой переменной или нажатия кнопки)
По хорошему эту "Замораживаемую" функцию нужно реализовывать изначально цикличность исполнения через setInterval , либо запихнуть во фрейм(пусть тестирует окно из фрейма), тем самым изобразив некую асинхронность. В противном случае могут возникать проблемы в некоторых браузерах с самим нажатием кнопки завершения всплывающего окна.
Хотя, если тест нажатия кнопки в самом окне сделать через setInterval , то предыдущие замечания не актуальны