Огромное спасибо! Я бы никогда не подумал, что ошибка кроется в такой ерунде!
Я решил что сделаю так:
заводить конфиг для редактора мне кажется лишним, а добавлю Gulp-таск, который будет конвертить всё в \n, потом публиковать в NPM, а потом конвертить обратно в родное для ОС значение, т.е. вместо
npm pub
я буду делать
gulp pub