[Aetae]

Нахрена именно строка то? С числами работай как с числами, а к строке приводи когда надо, как надо, и только тогда когда явно надо.

var s1 = '0.00000004';
var s2 = '0.00000009';
 
s2 -= -s1;
alert(s2.toFixed(8))