Поизучай MVC-фреймворки и возьми какой-нибудь на вооружение. Оно не решит проблему очистки персонально, но решит в том числе. Распространенные варианты:
React.js в связке с
https://babeljs.io/docs/usage/jsx/
Backbone.js в связке с
Marionette.js или
Chaplin.js (+, опционально, какой-нибудь
http://rivetsjs.com/ для дата-байндинга)
AngularJS. Имхо, дарк сайд - философию JS курочит, хотя весьма удобен.
+ переходи на
ES6.