[dd_smol]

А если обернуть вызов метода в промежуточную функцию и вызвать ее по тому принципу что я предложил выше?

function testFunc() {
	google.maps.event.addDomListener(window, 'load', init);
}

jQuery(function($) {
	$('a[rel]').each(function(i, el) {
		$(this).fancybox( {
			href : el.href,
			type: "iframe",
			afterLoad: function() {
				var winFrame = $('iframe[src$="' + el.href + '"]')[0].contentWindow;

                $( winFrame.document ).find('.' + $(el).attr('rel')).addClass('show');

				// Запустить функцию после добавления класса
				winFrame.testFunc();
            }
		});
		
	});
});