Magic quotes выключены?
php.ini
; Magic quotes
;
; Magic quotes for incoming GET/POST/Cookie data.
magic_quotes_gpc = Off
А еще, если бы это был не просто массив ["1", "2", "3"], который соответствует синтаксису JSON, а что-то более сложное, то в JavaScript нужно пользоваться функцией
JSON.stringify.