[dee0xeed]

Проблему решил, может кому то пригодится:
нужно было добавить такой код - beforeShow: function(){$(window).resize();}

<script type="text/javascript">
	$('.fancybox').fancybox({
		autoSize: false, 
		afterLoad: function () {
			(function(){
				SyntaxHighlighter.all();
			});
			$('.flexslider').flexslider({
				animation: "slide",
				slideshowSpeed: 6000,
				start: function(slider){
					$('body').removeClass('loading');
				}
			});
		},
		beforeShow: function(){$(window).resize();}
	});
</script>