[рони]

Lucard IV,
добавьте обратно атрибут rel, связь ссылок будет через него с блоками, а не по индексу

$(function() {
    var $but = $(".link_group_block a"),
        $blocks = $(".popup");
    $but.each(function(i, elem) {
        var $el = $(elem), rel = '.'+$el.attr('rel');
        $el.click(function() {
            $but.not($el).removeClass("active");
            $el.toggleClass("active");
            $blocks.each(function(j, el) {
                 $(el)["fade" + ($(el).is(rel) ? "Toggle" : "Out")]();
            });
        })
    });
    $('html, .close').click(function (event) {
          if ($(event.target).closest('.link_group, .popup' ).size() && !$(event.target).is('.close')) return;
          $but.filter('.active').click()
      });
});