Можно использовать jQuery.noConflict и обертки над кодом юзающим определенную версию JQ:
<!DOCTYPE HTML>
<html>
<head>
<meta charset="utf-8">
<script src="http://code.jquery.com/jquery-1.11.0.min.js"></script>
<script>var jq1_11 = jQuery.noConflict(true);</script>
<script src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.4.1/jquery.min.js"></script>
<script>var jq1_4 = jQuery.noConflict(true);</script>
</head>
<body>
<script>
(function($, jQuery) {
//внутри этой обертки используется 1.4.1
alert('Первая обертка: ' + $.fn.jquery);
})(jq1_4, jq1_4);
(function($, jQuery) {
//внутри этой обертки используется 1.11.0
alert('Вторая обертка: ' + $.fn.jquery);
})(jq1_11, jq1_11);
//в глобальной области вообще нет
try {
alert($.fn.jquery);
} catch(e) {
alert('Глобальная область: ' + e.message);
}
</script>
</body>
</html>