[ksa]

чтоб в "www.site.com," взял только саму ссылку, а то он и запятую включает :/

Не, не включает...

var txt='посетите мой сайт: http:\/\/site.com или www\.site\.com, т.к. наш site.com самый лучший и в нем есть папочка site.com\/blabla...';
alert(check(txt));
function check(Str) {
	var re=[
		/(((https?:\/\/)|(www\.))[a-z]+\.[a-z]+)/g,
		/([a-z]+\.[a-z]+\/[a-z]+)/g
	];
	for (var i=0; i<re.length; i++){
		Str=Str.replace(re[i],'<a href="$1">$1<\/a>');
	};
	return Str;
};