[Narahon]

Narahon,
а зачем в hover нужен viewportChecker ?

Не нужен, это я пробуя всевозможные варианты, случайно скопировал сюда)
Вот более логичное моё размышление:

jQuery(document).ready(function($) {
        $('.bottom1').addClass('hiddenx').viewportChecker({
            classToAdd: 'visiblex animated bounceInLeft',
            offset: 100,
            repeat: true
        });
        $('.bottom2').addClass('hiddenx').viewportChecker({
            classToAdd: 'visiblex animated zoomIn',
            offset: 100,
            repeat: true
        });
        $('.bottom3').addClass('hiddenx').viewportChecker({
            classToAdd: 'visiblex animated zoomIn',
            offset: 100,
            repeat: true
        });
        $('.bottom4').addClass('hiddenx').viewportChecker({
            classToAdd: 'visiblex animated bounceInRight',
            offset: 100,
            repeat: true
        });
        $('.jshop_categ').addClass('hiddenx').viewportChecker({
            classToAdd: 'visiblex animated fadeInRight',
            offset: 100,
            repeat: true
        });
        $('.zoom1').addClass('hiddenx').viewportChecker({
            classToAdd: 'visiblex animated zoomInLeft',
            offset: 100,
            repeat: true
        });
        $('.zoom2').addClass('hiddenx').viewportChecker({
            classToAdd: 'visiblex animated zoomInLeft',
            offset: 100,
            repeat: true
        });
        $('.zoom3').addClass('hiddenx').viewportChecker({
            classToAdd: 'visiblex animated zoomIn',
            offset: 100,
            repeat: true
        });
        $('.zoom4').addClass('hiddenx').viewportChecker({
            classToAdd: 'visiblex animated zoomInRight',
            offset: 100,
            repeat: true
        });
        $('.zoom5').addClass('hiddenx').viewportChecker({
            classToAdd: 'visiblex animated zoomInRight',
            offset: 100,
            repeat: false
        });
        $('.zoom5').hover(
            function(){
                $(this).removeClass('zoomInRight');
            },
            function(){
                $(this).addClass('rotateIn');
            },
            function(){
                $(this).removeClass('rotateIn');
            }
        );
});

Но при таком варианте, при прокручивании страницы первая анимация вновь начинает работать