[12345678]

Bond, спасибо. Немного переписал код и получилась универсальная функция.

var a = [
	[1, 2, 3],
	[4, 5, 6],
	[7, 8, 9]
	];
//Преобразуем массив в строку и обратно
var ret = ArrayParser(a)
alert(ret);
ret = ArrayParser(ret)
//массив разделён, чтобы было видно, что это массив
alert(ret[0]+ret[1]+ret[2]);//12,15,18

function ArrayParser(data){
	var x =",";
	var y =";\n";

	var str;
	var arr;
	if (typeof data === "string"){
		str = decodeURIComponent(data);
		str = str.split(y);
		var arr = new Array();
		for(var i = 0; i < str.length; i++){
			arr[i] = str[i].split(x);
		}
		return arr;

	}else{
		str = data[0].join(x);
		for(var i = 1; i < data.length; i++){
			str += y + data[i].join(x);
		}
		return (encodeURIComponent(str));
	}
}