документация по sencha generate app
нужно запускать генерацию или из папки, в которой лежит распакованный extjs sdk, который вы скачали с сайта Сенчи, либо нужно указывать в команде дополнительный ключ с указанием этой папки.
Например, если в консоли открыта директория web, то пишем
sencha -sdk path/to/sdk/directory generate app -ext MyAppName ./ext
Файл
app.json, кажется, нужен при сборке командой sencha app build, которую нужно запускать из web/ext в вашем случае.
Собранное приложение вы найдёте по адресу web/ext/build/production/MyAppName. Можете указать целевую директорию в app.json -
output.