// после вставки скрипта перед футером
var ad = document.getElementsByTagName('script')[0]; // вместо 0 напишите нужную цифру, я не знаю каким по счёту элементом будет новый скрипт
var script = document.createElement('script');
script.text = ad.text;
parent.insertBefore(script, document.getElementById('footer')); // вместо parent напишите родительский элемент футера
parent.removeChild(ad); // тут так же заменять parent на нужный