Поздравляю с устранением проблемы! Стало понятно, что приложение нужно не просто сгенерировать в поддиректории, но и запускать его из родительской директории. Возьму ваше решение на вооружение. Спасибо, что вы с siber-biber поделились им.
У нас есть формочки, которые мало того, что лежат не в корне сайта, но и отображаются внутри другого сайта на Джумле. Индексный файл не меняли правда. Вот например,
кнопка отправки заявки, подвергнутая воздействию app build.
Тоже замечал, что после app build уходят неясные глюки в отрисовке.