Выполните такой пример:
<?
echo '<pre>';
$im = chunk_split(base64_encode(file_get_contents('name.ext')));
echo $im;
file_put_contents('new.ext', base64_decode($im));
Не смотря на то, что строка base64 разбита на фрагменты (по умолчанию "\r\n"), из этой строки не проблема получить изображение. Собственно таким образом поступают с изображениями например, вставленными в тело почтового html-отправления.
Но чтобы строка изображения в base64 разрывалась пробелами, такого не встречал ни разу. Если такое есть, это значит баг при передачи данных на сервер.
Увеличить то можно в canvas, есть метод такой, но вопрос в том на сколько увеличить. Ведь чтобы при увеличении даже в два раза получилось качество, нужно не просто увеличить, но и использовать фильтр подходящий, дающий приемлемое качество.