А-А-А-А-А!!!!
Я лопухнулся!
В следующий раз буду повнимательней!
Проблема была в том, что я не добавлял атрибут ID к спискам (LI).
А в рабочем примере все элементы были с уникальными ID.
Так что осталось подумать над организацией уникальных ID для списков (дирректорий и файлов),
которые возвращает AJAX.
Всем отклинувшимся огромная благодарность.