Mack, у Вас скорей всего неправильный путь к файлу JS
Попробуйте в футере задать путь относительно корня сайта, например:
<script src="/wp-content/themes/mytheme/js/jquery.min.js" type="text/javascript"></script>
А вообще правильнее подключать файлы в WP с помощью функции wp_enqueue_scripts Пример:
function my_scripts_method() {
wp_register_script( 'controllers-angularjs', '/wp-content/themes/mytheme/js/controllers.js' );
wp_enqueue_script( 'controllers-angularjs' );
}
add_action( 'wp_enqueue_scripts', 'my_scripts_method' );