[Leon-on12]

Для начала мы создаём массив.

var numbers = [];
for (var i=0; i < 100; i++){
	numbers[i] = (i+1);
}

Дальше мы последовательно берём каждый элемент, придумываем ему новое место, с помощью вашего генератора случайных чисел, и меняем его местами с элементом который стоит на новом месте.

var number1;
var number2;
var position;
for (var n=0; n<100; n++){
	number1 = numbers[n];
	position = Math.floor(Math.random()*100);
	number2 = numbers[position];
	numbers[position] = number1;
	numbers[n] = number2;
}

Это наглядный вариант. Его можно сократить убрав одну строчку и одну переменную.
Объединив код, сократив его, написав Ваше document.cookDinner(); И учитя что Вы любите объявлять переменные в коде, получаем:

var numbers = [];
for (var i=0; i < 100; i++){
	numbers[i] = (i+1);
}
for (var n=0; n<100; n++){
	var number1 = numbers[n];
	var position = Math.floor(Math.random()*100);
	numbers[n] = numbers[position];
	numbers[position] = number1;
}

document.write(numbers);

Так же Вы не уточнили какие именно элементы вам нужны. Так как в вашем примере генератор давал числа от 0 до 100, а это 101 элемент.