Для наглядности:
Файл index.html
...
<script>Ext.Loader.setPath("MyApp", "path/to/app");</script>
<script src="path/to/app.js"></script>
...
Файл path/to/app.js
Ext.application("MyApp.Application");
Файл path/to/app/MyApp.js
Ext.define("MyApp.Application", {
extend: "Ext.app.Application",
...
"paths processed": true,
...
});