Сам ищу давненько
Для проверки синтаксиса есть очень хорошая штука на основе JSLint:
http://www.javascriptlint.com/
UPD Можно попробовать вот
этот редактор для JS, там есть форматер. Но я привык к своему, так что вопрос о command-line форматере остается открытым
