[nohuhu]

Вы когда в код смотрели, чего ж недосмотрели? Надо либо appFolder указать в классе Application, либо уж тогда и передавать его в конфиге Ext.application, чего стесняться:

Ext.define('MyApp.Application', {
    extend: 'Ext.app.Application',
    appFolder: 'foo/bar'
});

Ext.application('MyApp.Application');

Или:

Ext.application({
    name: 'MyApp',
    appFolder: 'foo/bar'
});

И ещё на всякий случай, в документации есть ссылки view source для каждого метода. Вот посмотрите, как Ext.application работает: http://docs.sencha.com/extjs/5.1/5.1...od-application.

А вот всякие недокументированные штуки лучше не трогать, боком может выйти. Я помню, что когда этот кусок MVC рефакторил, таких чудесатых чудес насмотрелся, что диву даёшься. Гремучая смесь асинхронной и синхронной загрузки классов, "декларативное" подтягивание Views/Models/Stores из контроллеров с совершенно невнятной схемой именования классов, и т.д. Оно очень хрупкое, не лезьте туда. :(