Примерно так.
change_theme.php:
<?php
$style = $_GET['style'];
setcookie('style', $style, time() + 60 * 60 * 24 * 365, '/');
header('Location: /');
?>
В head на всех страницах:
<link href="/temp/css/<?=$_COOKIE['style'] ?: 'stand'?>.css" rel="stylesheet" type="text/css">
Для применения:
<a href="/.../change_theme.php?style=stand">Стандартная тема</a>
<a href="/.../change_theme.php?style=red">Красная тема</a>
<a href="/.../change_theme.php?style=gold">Золотая тема</a>
Ну и конечно же, сами файлы хранить в таком виде: stand.css, red.css.