[Erolast]

import gulp from './node_modules/gulp/index.js';

ES6-модули транспилятся в обычный нодовский require, так что можно просто import "gulp" from "gulp".

Попытался использовать webpack, результат - сборка начинается, но в процессе подъема зависимостей gulp падает с ошибками

Во-первых, для сборки бэкэнда нужно установить свойство target в конфиге вебпака на node.

Во-вторых, не все npm-овские модули можно просто так взять и забундлить. Проблема в том, что нативная нодовская система модулей допускает большое количество хаков, от части из которых у вебпака едет крыша (как, например, от ретурна из внешнего кода), так что тут либо разбираться с каждой ошибкой в отдельности, либо забить и запретить бундлинг node_modules:

"use strict";
let fs = require("fs");

module.exports = {
    entry: './gulpfile.es6',
    target: "node",
    *!*externals: fs.readdirSync('node_modules')*/!*,
    output: {
        path: './',
        filename: 'gulpfile.js',
        *!*libraryTarget: "commonjs"*/!*
    },
    module: {
        loaders: [
            {test: /\.es6$/, loader: 'babel'}
        ]
    }
};