Прежде всего можно попробовать переписать функцию клонирования. Что бы она добавляла цифру в id при клонировании.
А тот цикт который ты просишь довольно прост:
<body>
<div id="ma1"></div>
<div id="ma1"></div>
<div id="ma2"></div>
<div id="ma3"></div>
<div id="ma4"></div>
<div id="ma4"></div>
<div id="ma5"></div>
<div id="ma7"></div>
</body>
var elem=document.getElementsByTagName("div")
var i = 0;
for (i = 0;i<elem.length;i++){
elem[i].id="chek"+i;
}