[Leon-on12]

Спасибо большое! Всё получилось. Да, по задумке надо много счётчиков, но теперь хоть понимаю как их наделать. Ещё раз спасибо!

Если счётчиков много есть такое решение(кривое как...****):
Сделать генератор счётчиков, который будет вставлять их в html. И все глобальные переменные id ключи и название самой функции менять.
Как-то так.

<div id="timers"></div>

var i = 1;
function addTimer(){
var eHide = "eHide";
var sec = "sec";
var checkLocalStorage = "checkLocalStorage";
var eHideSec = "eHideSec";
var title = "title";
document.getElementById("timers").innerHTML += '<script>function' + eHide + i +'(' +sec + i + ',' + checkLocalStorage +i +') {  if ('+checkLocalStorage +i +'&& localStorage.getItem("'+eHideSec + i+'")) {var savedSec = localStorage.getItem("'+eHideSec + i+'");if (savedSec > 0) '+sec + i+' = savedSec;}var time = '+sec + i+';var hour = parseInt(time / 3600);if (hour < 1) hour = 0;time = parseInt(time - hour * 3600);if (hour < 10) hour = "0" + hour;var minutes = parseInt(time / 60);if (minutes < 1) minutes = 0;time = parseInt(time - minutes * 60);if (minutes < 10) minutes = "0" + minutes;var seconds = time;if (seconds < 10) seconds = "0" + seconds;document.getElementById("'+title+i +'").innerHTML = "Wait " + hour + ":" + minutes + ":" + seconds;localStorage.setItem("'+eHideSec + i+'", '+sec + i+');'+sec + i+'--;if ('+sec + i+' >= 0) {window.setTimeout(function () {' + eHide +i + '('+sec + i+');}, 1000);enabled = false;} else {document.getElementById("'+title+i +'").innerHTML = "The End!";$("#waiting").attr("data-load", "1");}}if (localStorage.getItem("'+title+i +'") && localStorage.getItem("'+eHideSec + i+'") > 0) {$("#waiting").attr("data-load", "0");' + eHide +i + '(15, true);}$("#waiting").on("click", function () {if ($(this).attr("data-load") == 1) {$(this).attr("data-load", "0");' + eHide +i + '(15, true);} else {alert("forbidden")return false;}});</script>';
i++;
}

Только когда сделал понял что не нужно было выделять все эти переменные, можно было обойтись только i.
Главное не забудь что всё это должно быть одной строчкой, вроде как. Иначе js не прочтёт. Не знаю почему так. Но кавычки js не умеет соединять через строки.