Я проверял валидность тут:
http://validator.w3.org/#validate-by-upload
Валидность не как не связана с JavaScript кодом, она лишь проверяет, по правилам ли сформатирован html документ. Просто я сначала не понял, в чем ваш вопрос: у вас с этим DOCTYPE не работает скрипт на странице, так? Чтоб разобраться тут надо время, чтоб отладить и посмотреть что именно не работает в данном доктайп. Может вечером, когда загляну на форум, посмотрю.