AlexSoul,
Проще поставить Время самого первого старта таймера в localStorage;
Пример входа в таймер при входе на новую страницу или первом запуске:
var dataStart = localStorage.dataStart;
if(!dataStart)localStorage.dataStart = '' +new Date();
dataStart = +localStorage.dataStart;
Но ежели таймер многодневный, что куки, что Storage - не Айс, нун писать на сервер время первого старта, с возвратом в скрипт-переменную на страницы