[Deff]

var myfunc = function(arr, n){
  var i=0, a;
  function replacer(str, p){a='\n'; if(++i%n)a=' '; return p+a;}
  return arr.toString().replace(/(\d+)(?:,|$)/g,replacer);
}

var arr = [1,5,9,2,6,10,3,7,11,4,8,12];
alert(myfunc (arr,3))
alert(myfunc (arr,5)) //Ващет нун число пробелов равнять при большом числе столбцов

Либо через табуляцию, либо HTML таблицей)
Ибо цифры могут быть и двухзначными и однозначными и т.д.

var myfunc = function(arr, n){
  var i=0, a;
  function replacer(str, p){a='\n'; if(++i%n)a='\t'; return p+a;}
  return arr.toString().replace(/(\d+)(?:,|$)/g,replacer);
}

var arr = [1,5,9,2,6,10,3,7,11,4,8,12];
alert(myfunc (arr,3))
alert(myfunc (arr,5))

var myfunc = function(arr, n){
  var i=0, a, b='', s = String.fromCharCode(160);
  function replacer(str, p){ 
      b='\n'; a = (s+s+s+s).substr(p.length); if(++i%n)b='';
      return a+p+s+b;
  }
  return arr.toString().replace(/(\d+)(?:,|$)/g,replacer);
}

var arr = [1,5,9,2,6,10,3,7,11,4,8,12];
alert(myfunc (arr,3))
alert(myfunc (arr,5))
alert(myfunc (arr,6))