Думается скрипт устанавливает позицию один раз при загрузке страницы потому так и выходит. Надо вам добавить в функцию динамической подгрузки, в конец, вызов той функции, что отвечает за позиционирование, чтоб она каждый раз считала заново.
P.S. Однако позиционировать элементы надо с помощью css, без всяких скриптов, тем более в такой банальной ситуации. Скрипты для простой вёрстки - это путь в ад.
