наверное потому что точки с запятой ставить надо
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8" />
<title>ГГ</title>
</head>
<body>
<script>
endDate = new Date('2015.10.31') - new Date();
console.log(endDate);
console.log(1000%60);
sec = parseInt((endDate/1000)%60);//секунды
console.log(sec);
</script>
</body>
</html>