Возобновляю больную тему...
Создал код в песочнице:
https://fiddle.sencha.com/#fiddle/rj5
Я прописал путь к приложению:
appFolder: "/my/path/to/app"
Но загружает он контроллер совсем по другому пути:
https://fiddle.sencha.com/app/controller/Root.js
И как тут можно выкрутиться без хака
"paths processed": true?
Кстати, хак в песочнице не работает, а в моем проекте пашет... почему-то.