Не знаю, что за слайдер используется, и времени нет на разборы, но это что?:
var value1=jQuery("input#minCost").val();
var value2=jQuery("input#maxCost").val();
если это и есть передача значений полей в фильтр, уберите форматирование у значений:
var value1=jQuery("input#minCost").val().replace(/\D/g,'');
В общем ищите место где оперируют значения полей, и даже не зная JS, "методом тыка" найдете место где необходимо .replace(/\D/g,'')
PS. Вот этим .replace(/(.{3}\B)/g, "$1 ") не стоило бы нагружать клиента, у серверного языка есть готовые функции форматирования чисел в любом формате, включая и денежный.