Тема не закрыта. Не ясно как все-таки правильно делать! Как правильно задать путь к классу приложения.
Код в песочнице
https://fiddle.sencha.com/#fiddle/rj5
Я задал путь к приложению:
appFolder: "/my/path/to/app"
Но контроллер Root почему-то загружается с другой папки. Это видно в консоли:
https://fiddle.sencha.com/app/controller/Root.js