[falkone]

Данный вариант все решает, просто когда не использую event.stopPropagation();, то сам клик идет вверх по дереву и просматривает все элементы.

$('.main').on('touchstart', function() { 
     $('.main').stop().animate({top: '0px'}, 600, 'easeOutBounce'); 
}); 

$('.content').on('touchstart', function(event) { 
    event.stopPropagation();
    $('.content').stop().animate({top: '-50px'}, 600, 'easeOutBounce'); 
});