[Deff]

тогда все ок, попадаю куда нужно. Но тогда, когда я на главной, пропадает плавная навигация при выборе пунктов меню. Перемещение идет рывками. Может кто сталкивался с подобным и подскажет, как решить проблему. Спасибо!

Как Вариант:
Удалять расширения ссылок на текущей странице

var lnk = document.URL.replace(/#.*$/,'');
a[href^=lnk].each(function(){
  this.href = this.href.replace(lnk,'');
});