[devote]

Как эту проблему решить?

А почему ты не используешь настройки requirejs?

например:

require.config({
  baseUrl: '.', // тут возможно я не прав, поправь если надо
  paths: {
    'main': 'my-lib/main',
    'submodule': 'my-lib/submodule'
  }
});

// далее везде вызываешь:
require(['main'], function() {...});
define(['submodule'], function() {...});

ну и т.д.