[BETEPAH]

Делайте сразу NodeList нужных элементов в 5 строке и отпадет нужда в проверке (строка 10) как бонус
Давно уже есть метод для этого document.querySelectorAll('selector');

<input type="checkbox" value="all" name='one' onchange="checkAll(this);"  />
<input type="checkbox" name="time[1]"  />
<input type="checkbox" name="time[2]"   />
<input type="checkbox" name="time[3]"   />
<input type="checkbox" name='name'  />

<script>
    function checkAll(obj) {
		var nodes = document.querySelectorAll('input[name^=time'); 
		[].forEach.call(nodes, function(el) {
			el.checked = obj.checked;
		});
    }
</script>