[PeaceCoder]

$mybase = mysql_query("SELECT * FROM objects WHERE id!='$pid' ORDER BY y ASC"); 
$min2y=$max2y=null;
while($db = mysql_fetch_assoc($mybase)) {
  $y[$db['y']] = $db;
  $allobj = "<img src='{$db['img']}' style='position: absolute; left:{$db['x']}; top:{$db['y'}'></img>";
//пыжуем картинки в средний (второй) слой...
  $Objects = $dom->createTextNode($allobj);
  $two->appendChild($Objects);
  $max2y = $max2y!==null ? max($max2y,$db['y']) : $db['y'];
  $min2y = $min2y!==null ? min($min2y,$db['y']) : $db['y'];
  }

$mybase = mysql_query("SELECT * FROM customers WHERE id!='$pid' ORDER BY y ASC"); 
while($db = mysql_fetch_assoc($mybase)) {
  //запихиваем данные из строк в <img>
  $all = "<img src='{$db['loc']}' width='50' height='50' id='{$db['name']}' name='{$db['name']}' style='position: absolute; left:{$db['x']}; top:{$db['y']}'></img>";
  $isbnTextq = $dom->createTextNode($all);
  $lay = $db['y']<$min2y ?  $one:$three;
  $lay->appendChild($isbnTextq);
  }

А что если customers.y > min2y и customers.y <max2y ?

я сделал что если не меньше всех во втором слое, то кидаем в слой 3 в не зависимости от того находится ли customers.y в промежутке слоя 2.