Для инкрементальной сборки есть ряд хороших плагинов:
https://github.com/gulpjs/gulp#incremental-builds
Для запуска CLI API модулей есть хороший плагин: gulp-run.
Также следует заметить, что у встроенного вотчера галпа есть ряд проблем, например он не аттачит новые файлы, поэтому лучше юзать плагины вроде gulp-watch.