[MininAS]

func то же завернул в функцию:

setTimeout (function () {func();}, 300);

Заработало.
После встал вопрос как в func выполнить действия над объектом и сообразил передать ссылку в функции на объект, в общем надо было так:

function ani_hide(elm, i, o, func)
{
	elm.style.opacity =  (o / 100);
	if (o > 0) {o -= 10; setTimeout (function () {ani_hide(elm, i, o, func);}, i)}
	else setTimeout (function () {func(elm);}, 300);
}

ani_hide(a_block[i], 50, 100, function (elm) 
{
	elm.src = 'img/ball_0.png';
	elm.style.opacity = 1;
	flag_DOWN = true;
});