соль: убрать
.substr(0, document.getElementById('tt_total_basket').textContent.indexOf('.')-1)
пример как можно делать.
var a = '1,299.00', b = '990.00';
var r1 = (+a.replace(',', '')).toFixed(0);
var r2 = (+b.replace(',', '')).toFixed(0);
alert("r1: " + r1 + " ,r2: " + r2);