Вот код, который плавного перехода по ссылкам, может в него что-то дописать, чтобы всплывающее меню исчезало?
//
$('a[href^="#"]').click(function () {
elementClick = $(this).attr("href");
destination = $(elementClick).offset().top;
if($.browser.safari){
$('body').animate( { scrollTop: destination }, 1000 );
} else {
$('html').animate( { scrollTop: destination }, 1000 );
}
return false;
});
});