[laimas]

В итоге, не могли бы вы резюмировать, где в дом-модели

Это уж как вам надо - можно перед списками UL вставлять Hx, либо в первом элементе списка UL -> LI -> Hx... А то что заголовок не виден вообще, значит неверно вставляете. Дергать же дважды базу из-за своих проблем, это грех.

Например, пусть заголовки разные и выводятся в начале списков, а запрос возвращает 16 строк (только не используйте mysql_fetch_array, вам ведь не нужны два набора):

$head = ['Head 1', 'Head 2']; $n = -1; $rows = 8;
while($r = mysql_fetch_object($query)) {
    if(!(++$n % $rows)) $ul .= ($n ? '</ul>' : null) . '<h3>' . $head[$n/$rows] . '</h3><ul>';
    $ul .= '<li><a href="menu.php#' . $r->index_num . '">' . htmlspecialchars($r->name) . '</a></li>';
}
echo $ul . '</ul>';