оказуца взаимодействовать с рантайм окружением проще простого
#include <emscripten.h>
#include <emscripten/val.h>
using namespace emscripten;
int main() {
val document = val::global("document");
val body = document["body"];
body.set("innerHTML", val("ololo"));
body.call<void>("setAttribute", val("name"), val("i winner"));
}